微生物限度檢查儀采用不銹鋼金屬材料制成，配有內置進口隔膜液泵，不需外接抽濾瓶，液體直接通過隔膜液泵排除，減少了抽濾瓶使用上的繁瑣，避免了連接不好造成抽濾速度慢等缺點。工作原理是將供試品注入微生物限度培養器內，通過檢驗儀自帶內置進口隔膜液泵負壓抽濾，將供試品中微生物截留在濾膜上，用取膜器取出濾膜，轉移至配置好的固體培養基上，菌面朝上，平貼。蓋上蓋子形成封閉的培養盒，置于相應的恒溫培養箱內培養并計數。以下內容解答微生物限度檢查儀檢測時的常見問題：
一、梭菌檢查中需置厭氧條件下培養48小時，是否指在厭氧培養箱中？
答：需要在厭氧培養裝置中進行培養，未必是厭氧培養箱。
二、常規的監督抽樣檢品（包括原料）在進行微生物限度檢查時，是否要進行活螨檢查并在原始記錄與報告書中體現？
答：需要進行檢查。可以在原始記錄中體現，報告書上可以不出現，除非當發現有活螨檢出。
三、包裝材料的大腸埃希菌檢查？
答：根據包裝材料的不同，大腸埃希菌的檢查方法大致有兩種，一種是將浸提液合并后，取一部分，接種膽鹽乳糖培養基進行檢查；另一種是將浸提液合并后，薄膜過濾，然后按規定的方法檢驗。
四、藥包材微生物限度檢查規定了合格質量水平，通常產量下取樣8個，要求8個瓶子均符合規定，如何進行？
答：每個瓶子分別進行實驗。
五、控制菌檢查方法驗證時，采用多種方法均未檢出控制菌，如何處理？
答：在確保所使用的各種方法都沒有錯誤的情況下，如果仍無法使試驗菌生長，則應該采用薄膜過濾法進行檢查。理由是該方法能夠去除產品的抑菌作用。
六、大腸埃希菌具體操作規程？
答：參見藥品檢驗標準操作規程。
七、動物組織及動物類原藥材的提取物入藥，是否需要檢沙門菌？
答：需要進行沙門菌檢查。
八、制劑通則中，沒有微生物檢查項目的，是否可不進行微生物項目檢測？
答：可以。主要是二部制劑通則中口服片劑、膠囊劑、丸劑和顆粒劑。
九、在細菌、霉菌和酵母菌計數中，適用性檢查細菌是培養48小時，霉菌和酵母菌是培養72小時，供試品檢查中細菌是培養3天，霉菌和酵母菌是培養5天，那方法驗證中應參照哪個時間進行培養。
答：應按照供試品檢驗時的條件，即細菌3天，霉菌和酵母菌5天。
十一、關于藥典菌落計數結果的判斷還存在疑義，望能舉例說明。
答：不清楚所指的存在疑義是指哪方面。2010年版對結果報告進行了較大篇幅的修訂，目前的規定應該比05版為清晰、明確。