分子蒸餾是一種分離工藝，是利用液相中輕重組份分子逸出液相主體時分子自由程的差來實現分離的。而要實現分子蒸餾的基本條件是：輕組份分子逸出的分子自由程等于加熱面與冷凝面的距離，能正確地達到內置冷凝器實現捕集；而重組份分子逸出的分子自由程要小于加熱面與冷凝面的距離，使其不會達到內置冷凝器，也是內置冷凝器只捕集輕組份的分子，而實現輕重組份的分離。
在進行分子蒸餾之前，要認真的檢查設備是否有損壞、接口是否吻合，注意拿的時候要輕拿輕放；要保持接口的清潔，可以用軟布擦拭，也可以真空脂涂膜都是不錯方式。設備的接口不能太緊，所以要保持松動性，否則會影響功能發揮。
開始工作時候要保持機械從低向高速運行，同時關機的話可以持機械停止了旋轉方可以。每次使用分子蒸餾設備后應該及時的進行清理，保持機械的清潔干凈，從而加強機械的工作性能發揮，所以定期對密封圈進行清潔是所需的保養措施，使用過程中要注意防潮防水性能，以免造成導電現象發生。

注意事項：
1.短程分子蒸餾與真空泵連接,所以開機時要特別注意檢查各組件連接的密閉性;
2.進樣器、一、二、三級接收瓶均是玻璃磨口,且均有掐口固定,故操作時勿過分用力
3.該設備采用外夾層循環熱油加熱,溫度較高,切勿觸碰;
4.真空泵微調閥構造主要部件為高密度不銹鋼針,開啟前,必須先將冷凝柱注滿液氮。
5.若一天內進樣量較多,建議一級接收端口連接三口旋轉閥,底端使用升降架托住,設備運行中不能停機取樣換瓶,若停機,則待第2天再開機。

出現緊急情況時的應急措施：
1、進樣器流速失控
此時順時針擰緊控制閥無明顯改善后,切記不能過分用力旋鈕,僅關閉真空泵,不要進行其他操作,及時聯系儀器負責人或實驗室老師進行處理;
2、刮膜器聲音異常或轉速不均勻連續
關閉轉子和真空泵,聯系儀器負責人或實驗室老師進行處理;